“桃花源”里生活得太久了，实在是书生气太足了。过去，在权力场上，他就是特立独行；如今，他已经是一个在野人士了，依然对政治的险恶估计不足，导致事态越来越大，对李三才和东林书院的攻击也越来越升级。

古人云，“官场如战场”，政治斗争的险恶实在是难以预料，不仅李三才陷入了危机，就连顾宪成和东林书院也受到了牵连。一些别有用心的人乘机把李三才和顾宪成“挂钩”，并给他们扣上了一顶“大帽子”——“东林党”。

到了万历四十年（1612年）五月，在政敌的一片指责和诽谤声中，顾宪成不幸与世长辞。

此后，对东林书院的攻击越来越“上纲上线”，有人竟然给它扣上了一顶“大帽子”，说它是“遥制国是”的一个“党”。例如，御史田一甲宣称：东林书院“以道学之名号召天下”，“以故李三才、王元翰等一入其党，而贪可为廉；黄克赞、史继偕等不入其党，而贤可以为不肖”。在田一甲的眼里，东林书院不但是“党”，还有严密的组织关系：“入党”？“不入党”？真是荒唐之极！顾宪成到底何时“建党”？李三才等人又何时“入党”？

到了天启年间，魏忠贤专权，对东林书院的迫害更是变本加厉。当时，魏忠贤的亲信王绍徽炮制了一本《东林点将录》，公然将李三才列为“东林党”的第一号人物，其地位相当于梁山上的晁盖，“开山元帅托塔天王南京户部尚书李三才”，又把与东林书院有关的人，以及它的同情者全部网罗进去，毫不留情地镇压，上演了一幕幕人间悲剧！